Ну, вагоны с "прямоточными" системами нет-нет, да проходят модернизацию и на них, по возможности, ставят экологически чистые туалеты (ЭЧТ).
Если говорить о прямоточных - то, обычно, сброс нечистот идёт не в колею, а за неё - в сторону обочины. А сами нечистоты никто не убирает, они под воздействием скорости, а затем окружающей среды, так сказать, самоустраняются.
А это не грозит экологическими проблемами, например, в случаях, когда поезд проезжает рядом с деревней?