От состава кишечной микрофлоры, (по-другому микробиома) и того, что вы едите и как. Кишечный микробиом - состав бактерий кишечника зависит от того, что вы едите, но не только. Если начать следовать какой-либо диете, то микробиом довольно быстро (в течении месяца) начнет меняться. А что касается метана, то его вырабатывают типичные "жители" нашего кишечника, но его повышенное выделение было ассоциировано с набором веса (на мышах, но можно экстраполировать). https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3277195/