И так, и так.
"Оперировать" и "апеллировать" - это абсолютно разные слова с разными значениями, поэтому использовать можно оба варианта. Всё зависит от ситуации.
"Оперировать словами" значит "использовать слова", а "апеллировать словами" - "жаловаться/просить/воззывать, используя слова". Хотя последнее, как правило, итак делают, используя как раз таки слова.