Для динамического сайта необходима надстройка над веб-сервером в виде модуля или отдельной программы. Например mod_php для apache или fastcgi для nginx. Эта надстройка обрабатывает входные данные - отдаёт их вашим скриптам, а в конце получает от них ответ и отдаёт его веб-серверу для последующей отдачи клиенту.