Анализ наличия и движения основных фондов представляет собой по сути оборотно-сальдовую ведомость: наличие на начало периода, поступление, выбытие, наличие на конец периода.
Сами показатели в таком анализе могут быть как количественными, так и стоимостными. А последние, в свою очередь, - как в виде балансовой (остаточной), так и в виде первоначальной стоимости основных фондов.
Поэтому учитывать амортизацию при горизонтальном анализе наличия и движения основных фондов следует в том случае, когда анализируется изменение именно остаточной стоимости основных фондов (т.е. - за минусом начисленной амортизации).