Александр, добрый день!
Слово "Работать" по закону не применимо к понятиям договор ГПХ и самозанятый. За это ваш работодатель может попасть в "некрасивую ситуацию".
Но если рассматривать по существу:
Договор ГПХ и Самозанятость - это две абсолютно несвязанные ситуации, никак не влияющие друг на друга.
До договору ГПХ Вы выполняете работы/услуги для Вашего заказчика и получаете вознаграждение от него, по этому вознаграждению Заказчик удерживает САМ у Вас НДФЛ, и платит за Вас другие налоги (стразовые взносы), а ТАК ЖЕ САМ подает всю необходимую отчетность по выплатам и налогам.
САМОЗАНЯТОСТЬ - это вы регистрируетесь как самозанятый в приложении МОЙ НАЛОГ, и отражаете только ДОХОДЫ по САМОЗАНЯТОСТИ. У Самозанятых отчетность отсутствует как таковая.
В любом случае ни по какому из вида дохода (ГПХ, самозанятость) - Вам в налоговую отчитываться не нужно.