Недружественные страны смогут заблокировать Яндекс диск в России? Если да, то куда переносить документы находящиеся в данном облаке?

Могут заблокировать а могут и не заблокировать. Если что, я перенесу данные в облако на майл.ру. Если мало  объема, доплачу. Но так, по-моему, на большинстве подобных серверов делается.