Причем этот портал спокойно даёт войти в него (для этого он тоже запрашивает наличие сертификата), но когда подписываю документ, появляется диалоговое окно с надписью, что носитель не вставлен. Уже и сертификат переустановил и флешку в другие разъёмы втыкал. Не понимаю, в чем дело.
Для работы с некоторыми порталами в ЭЦП должен быть прописан специальный OID (Object Identifier - Объектный идентификатор). Обычно его устанавливают электронные торговые площадки, но для некоторых других площадок он тоже может быть нужен.
Как правило, включение соответствующего OID в ЭЦП является платной услугой. Уточните в службе поддержки портала, не нужен ли он для работы с ним.