Смотря какие вопросы считать "важными".
Поднимает ли игра Half-life, например, такой важный вопрос, как опасность поиска людьми внеземной жизни? Проблему неподготовленности, халатности, недальновидности при проведении серьёзных экспериментов? Вопрос о некоем сговоре правительств, крупных структур и кампаний?
А самое главное - для кого такие вопросы будут важны, а для кого нет?
Поэтому, как мне кажется, однозначного ответа на ваш вопрос вы не найдёте.
Я же, со своей стороны, могу назвать несколько проектов, интересных лично для меня, и поднимающих, на мой взгляд, интересные вопросы:
Among the Sleep
Игра, поднимающая вопросы алкоголизма, семейного насилия и влияния этого на психику ребёнка, выражающегося в детских кошмарах. Произвела на меня довольно сильное впечатление, хотя тема не новая, и обсуждаемая.
Gone home
В этой игре поднимается вопрос самоидентификации, и отношения к этому членов семьи. Главная героиня возвращается домой из путешествия и обнаруживает дом пустым. По мере продвижения по сюжету она узнаёт, куда пропала её сестра, а так же "заглядывает" в её внутренний мир переживаний и проблем.
Firewatch
Игра, рассказывающая историю наблюдателя одной из пожарных башен в лесу Шошони штата Вайоминг в 1989 году, сбежавшего от своих проблем, но преследуемого ими на протяжении повествования. Отличным здесь мне показалось то, что игрок сам выбирает, на какой именно ноте закончится игра, решит или нет герой эти проблемы.
Так уж вышло, что всё эти проекты - инди. Как мне кажется, помимо поднятых проблем, они ещё и очень неплохо сделаны геймплейно, потому заслуживают определённого внимания.
Надеюсь, вопрос не скатится в духе "а вот моя любимая игра..."