Насколько правомочны сотрудники МФЦ отказать в приёме документов, которые по их мнению, Росреестр не примет?

В данном случае МФЦ выполняет посредническую функцию в приеме документов. Их задача идентифицировать участников сделки, т.к. участники сделки должны либо присутствовать лично на сделке (сдаче документов), либо их представители по нотариальной доверенности.

Они могут на основании опыта дать вам рекомендацию, но отказать в оказании государственной услуги, они не правомочны.

Зарегистрируют сделку или нет, это не их головная боль, это делает регистратор в Росреестре.

Поэтому, если настойчивыми уговорами не получается их убедить, требуете письменный отказ и пишите жалобу (именно пишите) на действия сотрудника.

По опыту могу сказать, как только вы начнете писать жалобу, к вам выйдет руководитель отделения попытается привести свои аргументы, и скорее всего документы примут.

Но вам могут отказать в приме документов, если кого-то из участников сделки нет лично, нет возможности кого из участников идентифицировать, документы, по мнению сотрудника МФЦ подложные и все такое.

Не хватает конкретики в вашем вопросе, какие документы вы предоставили, и чем сотрудники МФЦ мотивируют отказ в приеме документов.