Настолько же, насколько безопасны программы, которые вы находите и устанавливаете из Интернета. Если вы доверяете самому эмулятору, доверяете его создателям, то можно считать его полностью безопасным.
Насчёт вирусов внутри эмуляции. Операционная система Андроид максимально защищена от вирусов, вирус не может заразить стандартный Андроид, поэтому даже если вы установите и запустите внутри эмулятора вирус, у вируса фактически нет шансов преодолеть барьер в виде эмулятора.