На деньги прихожан и жертвователей. Записочки, свечки, иконы, книги, а также ящики с пожертвованиями -это все церковный доход. Я уже в ответе на другой похожий вопрос писала, как устроено дальше: каждый храм, имеющий доход (замечу, что есть храмы, которым с трудом хватает или даже не хватает средств оплатить коммунальные услуги), переводит какую-то (как решит архиерей) часть в свою епархию, а епархия часть этого дохода отсылает в Москву.
Эти средства позволяют платить зарплату церковным работникам, поддерживать в должном состоянии храмы, строить новые, обеспечивать всякие социальные, просветительские и другие проекты.
При чем тут атеисты?
Видел я этих батюшек, и по ним уж точно не скажешь, что они ведут "более, чем бедный" образ жизни.