У истинно верующего не может быть ненависти к атеистам. Бог дал человеку свободу выбора и тем самым допустил возможность выбора неверного.
Что касается нетерпимости атеистов к верующим, то тут логическая цепочка проста: если Бога нет, то правоту того или иного утверждения определяет человек. Он сам становится высшим судией в вопросе, что правда, а что неправда, и далеко не всегда готов с пониманием относится к "заблуждениям" окружающих его.
Такому "гордому" человеку ничего не остается, как любыми способами утверждать свою правоту. Ведь только в окружении единомышленников у него не возникнет сомнения, что не прав он сам.
У верующего - вера внутри его. Атеисту нужна внешняя поддержка, поэтому он просто вынужден стремиться к умножению числа адептов своей безбожной "религии". Отсюда и его нетерпимость к тем, кого переубедить не удается.