Это совсем не "просто".
1) "Мусорная" имеет разнородный код, не всегда это многократо повторяющийся код типа -УГАУАГ-УГАУАГ- и т.п. Поэтому и вырезать её существующими инструментами не получится. Кроме того, многие рабочие гены начинаются с аналогичных участков кода, они при этом тоже вырежутся.
2) Участки "мусорной" нередко являются зонами комплементарного спаривания. Что будет, если их убрать?— полная анархия в митозе и мейозе.
3) Весьма вероятно, её функции не исчерпываются протективными (от свободных радикалов в т.ч.). По мере исследований пали "школьные" аксиомы "Один ген- один продукт" и "Один продукт- один ген".
По своему опыту механика-ремонтника подтверждаю девиз на гербе лорда Ветинари (персонаж Т.Пратчетта): не сломано- не чини.