Интересный вопрос. Не вполне понятно что же автор имеет в виду. Чисто теоретически, конечно можно. Вернее, не запрещено в целом, но могут возникнуть наслоения расписаний и графиков, если один из них, например, военный ВУЗ с казарменным положением, то учиться параллельно в другом будет проблематично.
Также проблемы могут возникнуть при прохождении срочной службы. Насколько я помню, для солдат срочной службы предусматриваливались отпуска на время сессии при заочном обучении. Но не готов сказать, действует ли эта норма сейчас и можно ли ее применять дважды.
Ну и еще вопрос в том, стоит ли оно того? Многие ВУЗы помимо программ высшего образования готовят программы повышения квалификации профессиональной переподготовки и отдельные курсы.
Я к тому, что получить специальность можно и с одной магистратурой, а если есть потребность в получении дополнительных знаний в другом заведении - пройти там курсы повышения квалификации.