Я считаю что можно. Во время выпекания, если вы видите, что печенье на нижнем противне бледное, а на верхнем, например, уже зарумянилось, то поменяйте просто противни местами. Конечно это не относится к печенью, при выпекании которого нельзя открывать духовку, но о таком о печенье я не слышала.
Можно, особенно если у вас электрическая духовка с вентилятором. Если газовая, то нужно проверить. Если начнет пригорать - быстро достать второй протвинь!