Сначала вычет можно получить за основную стоимость квартиры, потом по процентам. Получать по процентам, если вы никогда до этого не получали вычет с основной суммы нельзя.
Например, если вы купили квартиру до 2014 года, вы хотите подать вычет на проценты (проценты тогда были без ограничений), а после 2014 года вы купили квартиру и хотите получить основной вычет с неё - так не получится. Нельзя получить вычет по процентам раньше, чем вычет по основной стоимости квартиры.
Напишете конкретно ваш случай, почему вы не хотите получать вычет с основной суммы, а хотите только по процентам, может есть другой вариант...