Нативные приложения -- нет. Для них используется Objective C и новенький Swift. Возможно, есть какой-то фреймворк, который позволяет и на джаве это делать, но как правило их качество и удобство желает оставлять лучшего. Одним из самых популярных является Xamarin (язык C#).
P.S. Не эксперт в разработке под iOS, но опыт с андроидом подсказывает что лучше хоть как-то выучить "нативный" язык чем костылять на кроссплатформенных фреймворках