Можно ли написать программу, которая бы заменила видеоплееры на разных сайтах на какой-нибудь один, например, от youtube?

Нет, ибо абсолютно ненужный костыль. Но печалиться не стоит: нынче все переходят на HTML5, в котором проигрывание видео идет из коробки, да и сам он всяко быстрее и удобнее Б-гомерзкого флэша.