Можно ли написать письмо ректору с просьбой отменить предмет, или сделать его факультативным? Будут ли от этого какие-то последствия?

В целом - это маловероятно. Существует учебный план, составленный на основе перечня компетенций (знаний, умений, навыков), необходимых выпускнику. Компетенции эти содержатся в образовательном стандарте и отойти от них вуз не может, т.к. их наличие у выпускника - это и есть основание выдать ему диплом. Т.е. дисциплины в учебный план попадают не просто так, а потому, что они формируют у выпускника какие-то из требуемых компетенций. Соответсвенно, в общем случае, если предмет есть, значит, он (или что-то близкое к нему) нужен по образовательному стандарту. С другой стороны, в жестокой реальности некоторая часть дисциплин довольно далека от конкретной компетенции и включается в план потому, что требуется, к примеру, обеспечить учебной нагрузкой какого-то конкретного преподавателя кафедры и т.п. В обоих случаях, очевидно, вряд ли кто-то по желанию студентов пойдёт на пересмотр учебного плана. В принципе, попробовать можно, потому что есть третий вариант - часть дисциплин может оставаться в плане, скажем так, по инерции, из предыдущих вариантов плана и т.д. (это редкость, но так бывает). Формированием перечня дисциплин плана, скорее всего, занимается выпускающая кафедра, ректор тут не при чем особо. Писать лучше на кафедру, обосновывать свои предложения по изменению плана чем-то, связанным с образовательным стандартом по направлению подготовки, требованиями рынка труда (в идеале, заручиться официальными письмами представителей работодателей) и т.п. Иметь, словом, четкое обоснование того, почему эта дисциплина, на ваш взгляд, в плане лишняя. Ну и начать с внимательного чтения образовательного стандарта, потому что часто то, что кажется лишним студентам, в стандарте как раз чётко прописано как требование к выпускнику. К примеру, студенты часто (и неоправданно) жалуются на философию, а наличие этих знаний прописано во первых строках компетенций по всем экономическим, управленческим и схожим специальностям.