Как может навредить имя ВУЗа? Какой бы из них вы не окончили, у вас уже есть документ о получении высшего образования. Если вы будете поступать еще в один ВУЗ, вторая вышка вам будет только в плюс. При устройстве на работу, зачастую нужны только корочки о высшем образовании, а профильное оно или нет - уже детали. В первую очередь корочки говорят о том, что вы как минимум умеете более-менее связно мыслить, что-то анализировать и связно излагать свои мысли. А особенности и нюансы работы вы изучите уже на месте.
А разве престиж это не один из основополагающих факторов имени университета?