Может ли атеист стать президентом России?

В целом, конечно же может. Но есть нюансы. Будем говорить, конечно же, не о легальной стороне вопроса, потому что при регистрации кандидатов в президенты записку от духовника/муллы не требуют. 

Дело в том, что несмотря на то, что религиозный разворот общественного сознания в нашей стране носит отчасти искусственный, а от того временный характер, даже в условиях более светского мироощущения российского общества (те же девяностые - от советского атеизма еще недалеко, а до нынешней "глубинной скрепности" еще далеко) вопрос убеждений лидера страны всегда был очень важным для избирателей. И дело не в процентном соотношении верующих и неверующих, а скорее в особенностях нашей политической культуры. Избиратели хотят видеть на посту президента человека надежного, желательно с минимумом белых пятен биографии (хотя тут талантливый политтехнолог может все что надо приписать), и с понятными народу убеждениями. Люди хотят видеть, что у президента есть "что-то за душой". И в российских реалиях атеизм/агностицизм или (боже упаси) какой-нибудь пантеизм не очень подходит под категорию "понятный". Даже несмотря на наследие советской атеистической политики, основная масса людей продолжала верить в Бога, и это в свою очередь понималось как нечто само собой разумеющееся. Теизм в общественном сознании большого числа россиян фактически оказался связан с традицией, с обычным укладом жизни. Житейская мудрость так или иначе "подсказывала" идею некого абсолюта, что над всем и т.д. К слову, это и стало хорошей почвой для консервативно-религиозного ренессанса наших лет.

Соответственно, вера в Бога (само присутствие такого факта) делает кандидата в президенты России более понятным и близким к избирателю. Это связывает его с традицией, с историей страны, с "простыми гражданами". Поэтому показательны все сцены с действующим главой государства, где ВВ посещает то или иное религиозное мероприятие. Да, он как бы в стороне от людей, благодаря охране, но он поддерживает связь с Богом, ему не безразличны высокие материи, он думает о жизни, как и "все мы временами". Однако стоит отметить, что так возможно будет не всегда. Политическая культура - вещь динамичная. И вопрос религиозных убеждений на выборах отнюдь не в первой пятерке, это лишь часть образа. На фоне смены поколений и систем ценностей, особенно учитывая в целом более прохладное отношение поколений "новой России" к чужим личным убеждениям, все меньше людей будут задумываться о том, верит ли кандидат. Но это не значит, что они перестанут вовсе.  Все же семена политического прагматизма постепенно дают всходы в российском политическом сознании. И реальная позитивная повестка будущего президента, его образ в инфополе, его избирательная кампания, будут становиться для российских избирателей все более значимыми.