Если в трудовом договоре прописано, что сотрудник обязан прикладывать пропуск при входе и выходе, независимо от того открыта дверь или закрыта, а сотрудник этим пренебрегает, то все пробелы в отчете службы безопасности работодатель имеет право трактовать как прогул.
Да, могут, если на вашем предприятии введена электронная система учёта рабочего времени, её использование регламентировано локальным нормативным актом и вы с ним ознакомлен.