Да, если они достаточного объема, переосмысливают оригинал и/или имеют стройный самодостаточный сюжет.
Практический критерий следующий - если фанфик читают люди, которые оригинал не читали и с ним почти не знакомы, то это полноценное произведение.
Пример: Гарри Поттер и Методы рационального мышления hpmor.ru . Гениальная вещица, которую я рекомендую всем, не зависимо от того, насколько им нравиться канон (мне нет например). "Последний кольценосец" Еськова тоже, по факту, фанфик.