В период действия Шенгенской визы вы вольны перемещаться внутри этой зоны как угодно (именно внутри), способ передвижения не имеет значения. Правилом хорошего тона является только либо сделать въезд через страну, выдавшую вам визу, либо провести в ней большее количество времени.
Конечно, более того, вы можете въехать в одну страну шенгена, а выехать из другой. На это нет ограничений. Единственное правило - желательно въезжать в ту страну, посольство которой дало визу.