Скорее всего у вас произошёл процесс усушки дерева.Чтобы быстро произвести ремонт замерте щель и выбирете жгут типа Вилатерм на 30% большим по диаметру,например:щель 15 мм берём жгут 20мм,но берите на всю длину этого венца,чтобы шов был закрыт от одной лапы(или креста)до другой стороны лапы(или креста.потом покройте этот шов герметиком для швов по дереву.
Если щель появилась через некоторое время после сборки и начала эксплуатации сруба, то это результат процессов усадки и усушки деревянного дома. Появившиеся между венцами щели необходимо конопатить или герметизировать.