Основателем методологии современной науки по праву принято считать Френсиса Бэкона. Он описал принцип сомнения (не всё, что очевидно или "общеизвестно", истинно — это очень важный момент для развития науки), описал принципы проведения экспериментов. Он одним из первых обратил внимание на особенности разума, мешающие объективному познанию действительности — в частности, на то, что человек склонен искать порядок, находить объяснения в данных, где порядка нет.
Конечно, достижения Бэкона не могли бы появиться, если бы не работа его предшественников — десятков великих философов прошлого, начиная с Аристотеля, развивавших логику.
В свою очередь идеи Бэкона были развиты в работах И. Канта и стали тем, что собственно сейчас называется в философии "методологией науки".