Здравствуйте.
Все зависит от модели телефона и его возможностей в передаче радиочастот. На старых смартфонах могут быть проблемы с приемом сигнала, но, как правило, такого быть не должно.
Вот, почему NFC может работать плохо через чехол:
Надеюсь, я смог ответить на Ваш вопрос. Если у Вас появятся дополнительные, пожалуйста, задавайте их в комментариях под моим ответом.