Во-первых, религия раньше играла не только социальную, а ещё и политическую роль. Монарх держался во власти с поддержкой политической элиты страны: крупных феодалов и членов знатных семей. Эти люди были верующими, и доказать им что-то было сложно. Неугодный правитель сразу сменялся, если у него нет значительной поддержки и власти. Тот же пример Речь Посполитой, где прогрессивных монархов держали как марионеток. Такой поступок с вашей стороны мог бы быть смертельным для вас. Также нельзя отрицать влияние церкви и народа. Которые, могли ополчить против вас многих.
Во-вторых, научным способом опровергнуть бога а то время было невозможно. Но если у вас как-то получится это сделать, то вас сочтут каким-то психопатом. Если ваши противники за власть узнают об этом. Возможно будет государственный переворот.
В-третьих, вы успешно сделали всех атеистами и доказали всем, что бога не существует. Но, фактор заполняющий сердца людей надеждой исчезнет. Чем его заполнить? Тогда не существовала идеологий: коммунизма и фашизма, который мог заменить это. Народ перестанет быть единым, особенно в период эпохи феодализма. Тогда не было понятия нации. А существование страны и единство окажется под вопросом.
В-четвертых, если все-таки прямо ответить на ваш вопрос, убирая все детали и сохраняя все ваши условия, то ситуация окажется не совсем лучше. Атеизм как идеология была новинкой даже по меркам 17 века. Чтобы распространить религию, по крайней мере нужно было завести в эту религию местную знать. А за ними, как говорится, и крестьяне подтянутся. Но для хрестиан, принятие известного и понятного ислама было бы приемлемым, нежели чуждого, нового и непонятного для них атеизма. Они(народ и знать) все-таки не примут ваши слова всерьез, даже каким вы авторитетом и не обладали. Стоит учитывать тот факт, что тогда обычный народ религией не прикрывался(как делают сегодня политики), они и вправду были верующими, порой фанатичными и попробуй им что-то навязать. Даже научное опровержение бога.
Как-то так.