Приобретение оборудования не является базой по НДС, т.е. платить налог с покупки вроде бы не нужно. Однако цель покупки с НДС - это возможность принять НДС к вычету, уменьшив тем самым подлежащий уплате налог. В Вашем случае оборудование куплено без НДС, соответственно к вычету принимать нечего и НДС к уплате будет больше, чем если бы Вы купили это оборудование с НДС.
Ничего не понял. Какой вычет если НДС не платится? Из нуля вычитать будут?