Ответа на этот вопрос никто не знает. Следы теряются в апреле 1945 года, когда перед штурмом Кёнигсберга Янтарная комната совершенно точно находилась там. Город советские войска взяли, а вот Янтарную комнату так и не нашли.
Версий очень много. Есть целая пачка довольно-таки маргинальных, по большей части связанных с США (вплоть до того, что якобы советские военные всё же нашли комнату, но тайно продали всё американцам — едва ли можно всерьёз о подобном говорить). Реалистичные версии таковы:
Учитывая, сколько прошло лет и как хорошо исследована тема — скорее всего, правду мы уже не узнаем.
Скорее всего это станет известно когда найдут документы указывающие её транспортировку. Может быть в Аргентине куда бежали нацистские начальники совсем награбленным,или на дне в потопленом корабле при транспортировке...