Файл на диске не материален. Ну, или условно материален. Фактически, при удалении файла стирается только соответствующая запись в файловой таблице (MFT), а сами данные остаются на диске. Система просто "забывает" о существовании данных и новые данные могут быть записаны поверх неё. Ну а пока этого не произошло, система просто не обращается к этим участкам диска. На этой особенности, например, основаны технологии восстановления недавно удалённых данных даже в том случае, когда диск был отформатирован.
Процесс очень напоминает работу с аудиокассетами (кстати, раньше данные в хранились именно на магнитных лентах). Сначала Вы просто не слушаете надоевшую Вам старую кассету, а позже, например, записываете на неё новый альбом любимой группы. Куда девается песня, "поверх" которой Вы записали новую? Старые данные просто перестают быть доступными, так как на эти участки уже записаны новые.