Как тут уже написали, хромосомы никуда не делись, а объединились в одну, чему есть вполне явные молекулярные подтверждения (остатки старых центромерных и теломерных отделов, соответсвие локусов нашей хромосомы локусам двух обезьяньих хромосом). В принципе, это одно из самых наглядных и известных подтверждений эволюции на молекулярном уровне.
Во-вторых, да, мы все мутанты.Или даже круче, мы все ГМО