Идея ЕГЭ была придумана бывшим министром образования Владимиром Филлиповым, находящимся на должности до 2004 года. Реализовал задумку Владимир Хлебников – директор Федерального центра тестирования, работающего при министерстве образования РФ.
Экзамен был впервые протестирован на республиках Чувашия, Марий Эл, Якутии, Самарской и Ростовской области в 2001 году по всем предметам. В 2002 году эксперимент продолжался уже на 16 регионах. К 2008 году ЕГЭ сдавали учащиеся всех регионов. Список сдаваемых предметов при этом устанавливался главами регионов самостоятельно.
ЕГЭ организуется Федеральной службой по надзору в сфере образования и науки, а также органами исполнительной власти субъектов РФ, проводящими управление в сфере образования.