Оплачивают обычно по договоренности, но есть и исключения.
Если покупатель настаивает на нотариусе, оплачивает он.
Но если вы продаете например квартиру с детскими долями, значит по другому сделку не провести, это уже проблема продавца, будет оплачивать он.
Во всяком случае в моей практике.