Возможно это реакция на корм. Попробуйте сменить питомцу рацион. Также тщательно осмотрите шерсть на наличие паразитов.
Еще важно, что используется в качестве подстилки. Лучше покупать специальные опилки в зоомагазине. Также можно добавлять к ним салфетки, но не газеты! Тряпки тоже лучше не использовать, так как они не будут полностью высыхать от мочи и крыса будет пачкаться, что может вызывать чесание.
По возможности покажите питомца ветеринару. Он поможет понять причину и при необходимости подобрать лекарство. Ведь помимо спреев есть масса других средств.