Три самых возможных варианта - паразиты, аллергия на что-то в клетке (наполнитель) или аллергия на питание.
У крысок бывают не только паразиты на шерсти, но подкожные (клещи). Увидеть их невозможно, но они вызывают зуд. Крыску стоит показать ветеринару и если врач даст добро - обработать Стронгхолдом в дозировке для котят, одна капля на кожу холки. Через две недели повторить. Клетку обязательно тщательно поомыть (есть отличное дезинфицирующее средство для животных "Лайна") и заменить все гамачки, наполнитель можно заменить бумажными полотенцами без запаха и красителей.
Если выявится аллергия на еду - можно весь корм вводить по очереди и смотреть, есть ли реакция (от зерна до спецкорма и овощей с фруктами и белкового прикорма).