Вторичный вал есть еле-еле маленькое биение, еле ощутимое. Первичный сто процентов менять, потому как ходуном ходит. А подшипники промежуточного вала — в самих биения нет, в седлах тоже. Но скользят вперед-назад. На видео вроде все видно.
https://cloud.mail.ru/public/6kBo/Sh2Na2CJM
Иван, самым правильным было бы, раз уж Вы разобрали КПП, сменить ВСЕ подшипники. Ну, чтобы "дважды не вставать". Коробка все равно разобрана, а цена подшипников для ВАЗ, не равна "ведру урана". Потратьте 2000 рублей, купите все и поменяйте. Спокойней будет впоследствии, поскольку будете знать что все новое.
Мы, при разборе КПП идем именно таким путем, ибо "скупой платит дважды". И коробку разбирает, и снимет и ставит... Удачи!