Здравствуйте! Вы должны указать в МойНалог именно ту сумму, которую перевел вам заказчик : сайт - именной Яндекс . При этом желательно иметь договор с заказчиком на эту сумму и подписанный акт выполненных работ (он может быть в качестве скана, так как в основном налоговые органы просят предоставить подтверждающие документы в электронном виде, документы можно направить через личный кабинет).