Помимо непосредственной физической проверки паспорта (фото и пр.), его сканируют для быстроты операции, т.е. не нужно вводить ФИО в базу для поиска. При сканировании данные о человеке проверяются по многим базам, в первую очередь по базе ФСБ, МВД, ФМС и ФССП, на предмет наличия / отсутствия данного человека в розыске, есть ли запрет выезда, не нарушен ли миграционный контроль и пр.
Обычно пограничники на любых границах проверяют
срок действия документов, фотографии, физические данные, визы, не числится ли человек в розыске и теперь еще проверяют нет ли задолженностей по штрафам.