Главный недостаток собственно говоря один - теория эволюции, мы же про биологическую эволюцию говорим, опровергает, доказательно между прочим, креационизм, что в свою очередь негативно сказывается на доходах, ой, простите, на добровольных пожертвованиях, ряда религиозных организаций. Т.е. все, как обычно, упирается в "бабло".
Интересный ответ, скажем так, жизненный.
Но это далеко не недостаток эволюции, а ,скорее, её последствия.