Из того, что писали в новостях, можно предположить, что ФСБ, не имея (по открытым данным) возможности получить доступ к информации, передаваемой и принимаемой пользователем ТОР, считает подозрительным сам факт его использования, который отследить вполне возможно. Вероятно, система вроде СОРМ автоматически передаёт в фильтрацию каждый подобный случай, а с выхода системы фильтрации пользователи, чьё использование ТОР представляется неслучайным и систематическим, попадают в более глубокую разработку, которая может успешно вестись и способами, не связанными с непосредственной расшифровкой трафика от ТОР.