Основная разница этих моделей в размере экрана SE 4 дюйма, 6 - 4,7 дюйма. SE чуток мощнее и камера лучше. Подробное сравнение можно посмотреть на официальном сайте http://www.apple.com/ru/iphone/compare/. А так что вам удобнее. Можно зайти в их магазин и попробовать оба варианта в деле, который понравится тот и купить.