Собственно, методы изучения мира были продуманы сначала философами, и только потом уже они стали применяться в науке - когда наука возникла. И возникла она сильно позже философии, в 17-18 в. н.э., тогда как философия и самые основные методы, позже признанные "научными", - почти 2,5 тыс. лет назад. "Классификация, анализ, структурирование" и многое другое - это концептуальные способы работы с информацией о мире, и потому они изначально философские. Научные методы, которые возникли уже в конкретных науках и только потом оказывали влияние на философию, существуют лишь последние лет 150-200, - когда в естественных науках произошел качественный скачок.
К сожалению, философию часто так плохо преподают, что у студентов, особенно точных, технических и естественно-научных специальностей, остается в голове только бессмысленная каша из имен и направлений. А когда они начинают заниматься конкретной темой в рамках своей науки и встречают все "нормальные научные методы", то уже не помнят, что когда-то про эти методы им рассказывали или задавали читать в учебниках по философии.