Оплата ежегодного отпуска облагается также, как и заработная плата (НДФЛ и страховые взносы). Это касается как основлной части отпуска, так и дополнительного.
А вот если отпуск предоставляется за счет средств ФСС, то такие выплаты ничем не облагаются (это как правило, отпуска: по беременности и родам, в связи с усыновлением, по уходу за ребенком и пр.).