Каким образом за ночь перестает болеть то, что мучило днем - голова, живот, суставы и т.д.?

Смею предположить, что дело в том, что человек во сне достаточно сильно расслаблятся, восстанавливается правильное ровное дыхание, что способствует восстановлению. Вы просто отдыхаете, грубо говоря.