Разделю свой ответ на две части: скучно-реалистичный и моё предположение о комикс-реальности.
1) Во-первых, никогда не ищите рационального зерна в подобных каверзных несостыковках. Как говорил Стэн Ли: "когда мы создавали персонажа, мы о таком не задумывались".
Почему Супермен мускулист ясно и так: это показатель его силы, это мощь, которую ВИДНО сразу. Не зря Халк, считаясь одним из сильнейших персонажей комиксов, является очень-ОЧЕНЬ накачанным парнем. Также вспомним классику. Да-да, Человек Из Стали никто иной как цирковой силач (все вспомнили красные трусы Золотого Века?), а они имели незаурядные мускулы.
Это к слову о том, почему Кларк при своей силе преподнесён нам красавчиком из рекламы фитнесс-центра.
2) Давайте не будем слушать меня и найдём-таки рациональное зерно.
Кстати, я сразу вспомнил, как отец из Суперсемейки качался железнодорожными составами.
"Но у старины Кал Эла нет времени на качалку!" - скажете вы, а я соглашусь.
Супермен часто сражается с невероятно сильными противниками. Он мог развить свою мускулатуру как борец - в сражениях с сильнейшими злодеями вселенной.
Есть ещё один значительный фактор - жёлтое Солнце. Оно даёт сынам Криптона силу. Вероятно, оно и питает их, словно протеин.
Вспомним Супца из Флешпоинта, который без солнца просидел в клетке много лет:
Как вам такой СиКей?
Или смоллвиль после ядерного удара, павший в тень:
Тут даже он сам рассуждает о живительной силе Солнца. Впитав энергию из растений, наш друг вновь обретает завидные кубики пресса.
Ну и мой последний вариант: у Кал Эла просто "хорошая" генетика.
Помните пса по кличке Большая Венди?
Нет?
Вспомнили? Молодцы. Ведь может и Кларк накачался из-за гормонального "сбоя".
А выбор из возможных причин я оставлю для вас. Спасибо за вопрос!