Каждый из мессенджеров использует свой протокол. В основном все они используют протоколы с типом шифрования end-to-end. То есть информация передаётся от пользователя к пользователю и посторонние, даже компания, не имеют доступа к переписке. Viber писали свою систему сами, с нуля. Facebook и WhatsApp использует шифрование другого мессенджера, которое хорошо себя зарекомендовало в мире и имеет много положительных отзывов ведущих экспертов кибербезопасности, а именно Signal Messenger (редко у нас использующегося, но рекомендованного самим Сноуденом). Telegram использует свой протокол, написанный братом Павла Дурова, Николаем и ещё несколькими математиками-программистами. Важно заметить, что по умолчанию чаты в Telegram используют шифрование, но не end-to-end. Из-за этого все сообщения хранятся на серверах (где по утверждению Павла всё шифруется) и отсюда возможность загружать свои сообщения с других устройств. Так что, если хотите полное шифрование в Telegram, используйте Секретные чаты. Они ещё позволяют выставлять таймер самоуничтожения сообщений. Использование end-to-end шифрования сводится на нет, когда в приложение внедряют специальную "закладку" (по заказу спецслужб или корпораций), которая позволяет получать доступ к переписке. Поэтому особенно ценятся приложения с открытым исходным кодом, который каждый желающий специалист может проанализировать и удостовериться, что там ничего лишнего не спрятано. Из приложений с открытым исходным кодом стоит отметить: Signal, Telegram, Wire.
P.S. И помните, самое безопасное общение, это встреча в диком поле без каких-либо технических приспособлений при себе. Всё остальное только вопрос важности и цены взлома.