Что касается загрязнителей именно биогаза, то вам выше коллеги доступно объяснили. Самое главное - очистить от сероводорода и осушить - остальное становится доступным для сжигания даже в двигателях. Очистка от углекислого газа до биометана обычно проводится в специальных колоннах во встречном пропускании биогаза через холодную воду. Во второй колонне вода нагревается, освобождая растворившийся углекислый газ. Частично теряется метан (до 5%). Есть еще специальные мембраны, через которые проникает углекислый газ, а более крупная молекула метана не проникает через поры.
Что касается удобрений. то загрязнители остаются исключительно по состоянию первоначального сырья. Если сырье содержало нефтепродукты или тяжелые металлы, то они точно также попадают в переброженный эффлюент и удобрением это сложно назвать. Но в агрохолдингах и на пищевых отходах таких проблем не бывает.