Если говорить о более-менее локальных событиях, то
Вторая каппельская война, 1531 год, конфликт между протестантами и католиками
Зондербундская война, 1847 год, гражданская война
Старая Цюрихская война, 1440-1446 год, конфликт между Цюрихом и другими кантономи
Тоггенбургская война, 1712 год, снова протестанцы и католики
Швабская война, 1499 год, конфликт между Швейцарским союзом и Швабским союзом
Все именно швейцарские войны описаны в предыдущем ответе. Однако были еще и войны третьих стран, которые проходили на территории Швейцарии - в частности целый ряд революционных и наполеоновских войн прошли именно на территории Швейцарии